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宏轉錄組學（總RNA測序）可實現樣品中病毒的非靶向，高通量檢測和鑒定。它可以用于檢測已知病毒和新型病毒，同時提供完整的基因組信息，使其成為功能強大的監測工具。宏轉錄組學已用于多種監測項目，包括檢測人類污水中的病毒，監測無脊椎動物中間宿主（例如蜱）和脊椎動物中間宿主（如蝙蝠）中的病毒，以及在爆發期間溯源病毒株。宏轉錄組學在一系列監測應用中的成功應用表明它具有提高當前蟲媒病毒（節肢動物傳播的病毒）監測程序的潛力。

蟲媒病毒對人類和動物健康構成重大威脅，其中包括登革熱，黃熱病，寨卡病毒，基孔肯雅熱，藍舌病和馬腦炎病毒等病原體，僅登革熱病毒每年就感染約3.9億人。病毒監測可作為增加傳播風險的預警系統，并采用諸如誘捕蚊子，在細胞培養中分離病毒以及使用定量PCR（qPCR）分析進行靶向分子病毒檢測等手段。宏轉錄組學是一種非靶向方法，為蟲媒病毒監測提供了許多優勢。它可以在不進行培養的情況下檢測病毒，不需要先確定病毒序列，可以識別新的蟲媒病毒威脅，闡明混合感染，并可以為暴發的分子流行病學調查提供完整的基因組序列或特定的蛋白質序列。此外，它可以檢測蚊子群中的其他生物，包括共生菌和寄生蟲（如利什曼原蟲）。

為了將轉錄組學用于蟲媒病毒監測，必須首先認證監測蚊子群方法的敏感性和特異性。許多研究已經使用宏轉錄組學方法通過Illumina，Ion Torrent和Oxford Nanopore測序來檢測單個蚊子中的病毒。更多的研究是對蚊子群體進行測序，群體的樣本數從5個到6700個標本不等。這些研究主要集中在探索各種蚊子種群中存在的病毒多樣性。但是，大量蚊子用于蟲媒病毒監測時，缺乏有關宏轉錄組學金標準測試指標（例如敏感性和特異性）的研究。在評估傳播風險和了解病毒豐度的時間變化時，這一點至關重要。病毒載量和測序結果之間的關系需要明確，以避免對序列數據的錯誤解讀，從而導致假陽性結果（檢測到蚊子群中不存在病毒）和蚊子群中存在的病毒的假陰性結果（檢測失敗）。

實驗室工作流程會大大影響宏轉錄組測序檢測蚊子中蟲媒病毒的能力。一種提高靈敏度的流行方法是使用過濾，PEG沉淀或不依賴序列的擴增方法來富集蟲媒病毒。盡管這確實增加了病毒序列的數量，但富集也會引入偏向bias。增加病毒序列數量的另一種方法是消耗蚊子RNA，通常是靶向豐富的核糖體RNA（rRNA）去除。有多種rRNA去除試劑盒可采購，但是這些試劑盒并非特定于蚊子的，因此需要采用基于蚊子rRNA序列的定制探針。

來自澳大利亞的科學家采用Nugen的蚊媒RNA測序文庫構建試劑盒（特異性去除蚊子rRNA探針）驗證了高通量基因測序（NGS）技術蚊子中蟲媒病毒的敏感性和特異性。為了對此進行評估，將羅斯河病毒（RRV）和Umatilla病毒（UMAV）分離株的五種稀釋度（1：1、1：20、1：400、1：8,000和1：160,000）摻入100個樣本群的子樣本中南方庫蚊（Culex australicus）蚊子。 1：1稀釋表示100只蚊子池中一只RRV感染的蚊子的病毒載量。科學家對子樣本進行了核酸提取，蚊子特異性核糖體RNA去除和Illumina HiSeq測序。科學家還使用數字PCR（RT-ddPCR）和定量PCR（RT-qPCR）測量了子樣品的病毒載量。轉錄組測序在1：1、1：20和1：400子樣本中檢測到RRV和UMAV。正確識別了100％的RRV和99.6％的UMAV組裝序列，實現了高特異性。宏轉錄組測序不如RT-qPCR或RT-ddPCR靈敏，但是它得到了全基因組序列并檢測到其他19種病毒，其中包括澳大利亞的四次*發現的病毒。這些發現將有助于蟲媒病毒監測計劃在常規監測活動中利用轉錄組學來加強蟲媒病毒的檢測。

之后，澳大利亞科學家采用這種方法在蚊子中發現了Yada病毒。